おたふく風邪の合併症で最も多いのが、無菌性髄膜炎です。この病気は、各種ある髄膜炎の中では症状が軽い部類に入ります。ほとんど症状の出ないごく軽い物まで含めれば、おたふく風邪の患者の約半数が罹っていると考えられていますが、明かな症状が出るのは約１割程です。頭痛・発熱・嘔吐などが発現します。希に嗜眠状態・昏睡・けいれんを来す場合もあります。
ほとんどは予後良好で、麻疹性の脳炎よりずっと軽く済むようですが、神経性難聴や顔面神経麻痺が永続的後遺症として残る場合もあるようです。
特に効果的な治療法はありませんが、安静にしていれば大抵２週間程で治ります。症状が激しい時には、医師の判断で入院治療が必要な場合もあります。

約１万５千人に１人の割合で、一側性（希に両側性）の神経性難聴が起こります。多くの場合は唾液腺の腫れが退くに従い徐々に回復していきますが、希に回復せずに難聴が残るケースもあるようです。

思春期以降の男子がおたふく風邪に感染した場合、約２割が睾丸炎（精巣炎）を併発すると言われています。しかし不妊となる事は希で、ホルモン機能が失われる事も少ないようです。
女性では、卵巣炎を併発する事がありますが比較的希です。不妊との関連性があるかどうかはよく解っていません。

軽い膵炎を合併する事は多いようです。重症なものはごく希です。腹部の圧迫感・痛み、嘔気、軽度の発熱等の症状が出ますが、重症化する事はほとんどなく、約１週間で治ります。

甲状腺炎、腎炎、心筋炎、前立腺炎、乳腺炎、関節炎、視神経炎、多発性関節炎、血小板減少性紫斑病などの合併例が報告されています。